Il existe trois grandes variétés de kystes ovariens. Dans lante.cl'enveloppe sécrète à l'intérieure de la poche un liquide clair comme de l'eau (une sérosité) : on dit que le kyste est séreux. Dans la seconde variété les cellules muqueuses de l'enveloppe sécrètent un liquide épais : le kyste est muqueux.

Dans la troisième variété, l'enveloppe du kyste est semblable à la muqueuse qui tapisse l'intérieur de la cavité utérine. A chaque cycle se produit une hémorragie dans le kyste : celui-ci étant clos, le liquide hémorragique (menstruel) s'accumule chaque mois et le kyste s'accroît. Ce type de kyste est dit endométriosique.

On rapproche de ces tumeurs liquidiennes une formation contenant du tissu graisseux (et d'autres tissus). Cette lésion qui est en fait un tératome (tumeur complexe formée de tissus multiples) bénin est souvent qualifiée de kyste dermoïde : en effet, elle a les mêmes propriétés et les mêmes complications que les kystes séreux, muqueux ou endométriosiques. Ces quatre variétés constituent les kystes organiques.

Or, au cours d'un cycle féminin normal, un ovaire produit une petite formation liquidienne physiologique, sans vraie enveloppe, le follicule qui ressemble à une petite formation kystique. Dans certains cas, la taille du follicule est augmentée : cette formation, à cheval sur la physiologie et la pathologie est appelée kyste fonctionnel. Cette formation disparaît le plus souvent d'elle-même, soit spontanément, soit par blocage du cycle naturel.